La Chiesa del Convento, intitolata alla "Sacra Famiglia" per volere dello stesso Padre Pio, è situata all'ingresso del paese nella località chiamata "Gregaria", una volta aperta campagna e luogo di raduno dei pastori.
I lavori di costruzione iniziarono quasi due anni dopo quelli del Convento.
Nel 1909, nei pressi di tale località Padre Pio, allora Fra Pio, fece la sua profezia mentre era in compagnia di alcuni seminaristi e dell'arciprete di Pietrelcina Don Salvatore Pannullo (zì Tore).
Il sacerdote Don Giuseppe Orlando (Pietrelcina 26.10.1877 - Pago Veiano Bn 29.8.1958), a lui molto affezionato e suo attivo collaboratore per la realizzazione delle sue opere benefiche, ce la racconta così:
«Un'altra sera, l'Arciprete Pannullo, mentre passeggiavamo tutti insieme, egli che al solito sentiva più i discorsetti del Forgione, che i nostri, ci fece fermare improvvisamente e ci invitò a zittire e a sentire quello che diceva di sentire Forgione. Sentiva un coro di angeli che cantavano e delle campane che suonavano a distesa da un luogo non lontano da noi, ed indicava col braccio e con la mano tesa verso il luogo destro della strada.
Noi tutti non udivamo nulla ed il silenzio fu rotto dallo scroscìo delle nostre risate».
La prima pietra per la chiesa fu posta il 24 maggio 1928 dal Cardinale Luigi Lavitrano ed i lavori per la sua costruzione durarono più di vent'anni.
Il 19 maggio 1951 fu consacrata con alcuni altari laterali da Sua Ecc. Mons. Agostino Mancinelli, arcivescovo di Benevento.
Il 14 settembre 1955 da Sua Ecc. Mons. Gioacchino Pedicini, arcivescovo di Avellino, venne consacrato l'altare maggiore con al centro un mosaico stile romanico e di scuola vaticana raffigurante la Sacra Famiglia.
Ai lati di detto mosaico vennero poste due statue lignee: a sinistra quella di S. Elisabetta d'Ungheria e a destra quella di S. Ludovico Re di Francia, patroni dell' Ordine Francescano Secolare (O.F.S.).
Ai lati della Chiesa sorgono il Convento dei Padri Cappuccini, ora intitolato a "Padre Pio", e la Casa del Pellegrino "Mary Pyle".
La benefattrice americana Mary Pyle, una ricca protestante convertitasi al cattolicesimo e che visse fino alla morte al fianco di Padre Pio, si interessò della costruzione del convento e finanziò i lavori.
La prima pietra fu benedetta dal Cardinale Luigi Lavitrano, arcivescovo di Benevento, il 13 giugno 1926.
A lei è stata dedicata la Casa del Pellegrino (completata il 26 maggio 1991), una struttura nata con lo scopo di accogliere i tanti visitatori che giungono ormai nel paese natale di Padre Pio, e che i Padri Cappuccini mettono gentilmente a disposizione per tantissimi convegni e manifestazioni che si svolgono a Pietrelcina.
Quando Mary Pyle (chiamata Maria 'a mericana dai pietrelcinesi) manifestò a Padre Pio la sua intenzione di costruire un convento a Pietrelcina, lui rispose:
«Sì, fai presto e che sia dedicato alla Sacra Famiglia».
Il decreto di apertura del Convento è del 21 febbraio 1947, anche se fu completato molto presto, ma solo il 5 luglio 1947 fu ufficialmente preso in possesso dai primi frati cappuccini giunti a Pietrelcina.
Il primo superiore fu padre Luca da Vico Garganico, al secolo Vincenzo Della Vella
(n. 5.11.1913, m. 2.11.1949), che subito si adoperò per la sua risistemazione dopo il cattivo uso che i soldati ne avevano fatto durante la guerra.
Nel 1948 venne inaugurato il Seminario Serafico.
Padre Luca, molto stimato dai pietrelcinesi, purtroppo morì precocemente di tifo la mattina del 2 novembre 1949 all'ospedale civile di Benevento, un anno e mezzo prima del completamento della chiesa e della sua inaugurazione del 20 maggio 1951.
Con il completamento della chiesa la profezia di Padre Pio si era dunque avverata e il 29 settembre 1951 don Giuseppe Orlando, mentre passeggiava con il suo compaesano nel restrostante giardino del convento di S. Giovanni Rotondo, gli disse:
«Piuccio, ti ricordi quella sera a passeggio con l'Arciprete Pannullo, quando tu sentivi il coro angelico e le campane suonare a distesa ed io con gli altri, appunto perché non sentivamo nulla, ti deridavamo e ti schernivamo? Ora proprio là è sorto il Convento e la Chiesa, ed ora sì che vi si canta, e suona a distesa la campana!»
«Come non mi ricordo!» rispose Padre Pio.